Tem um pronto socorro de urgências e emergências que atende cerca de 11 mil pacientes por mês; um ambulatório de especialidades médicas, que atende cerca de 12 mil pacientes por mês; um moderno Centro Cirúrgico; um Centro Obstétrico e um setor de UTI Neonatal.

Caracteriza-se como entidade filantrópica e é regida por um estatuto social que abriga um corpo de associados denominado Irmandade da SCMMC. A cada dois anos esta irmandade elege uma Mesa Administrativa e designa seu presidente, o Provedor, definindo-se assim, uma estrutura gerencial que tem por incumbência a gestão de recursos humanos, materiais, tecnológicos, financeiros e administrativos.O modelo assistencial seguido pela SCMMC atende, como referência regional, as áreas ligadas à Maternidade, ou seja, Obstetrícia e Neonatologia, assim como Oftalmologia clínica e cirúrgica, Alta Complexidade em Neurologia e Neurocirurgia e nas especialidades de Ortopedia e Traumatologia. Além disso, a Instituição presta serviços de Pronto Socorro conforme contrato de convênio com a Administração Municipal.

Compromissada com a comunidade a Santa Casa de Misericórdia de Mogi das Cruzes deve ser compreendida sob três aspectos principais: como Instituição, como Empresa e como Serviços Médicos.

Os financiamentos dessa estrutura provêm de receitas obtidas de contratos de serviços médicos e hospitalares prestados principalmente ao setor público, de Planos de Saúde e Seguradoras e da contribuição dos Irmãos da Entidade e de doações de particulares.

A fundação da SCMMC ocorreu por iniciativa do vigário da cidade, padre Antônio Cândido Alvarenga reunindo representantes da comunidade mogiana em sua própria casa para criar uma sociedade cujo fim seria o de assistir os menos favorecidos. No dia 06 de julho de 1873, então, mais de 130 pessoas participaram deste encontro que culminou com a idealização do Asylo da Sociedade Mogyana de Beneficência, primeira denominação da Entidade. Eles definiram que esta sociedade praticaria a caridade cristã, especialmente aplicada à visita e curativo da pobreza enferma, nascia assim a SCMMC.